L’étymologie de cette plante vient de tham, en égyptien qui désignait une plante qui servait à embaumer les morts ou de thy en grecque qui signifiait « exhaler une odeur », le thymus serait en relation avec la glande de l’immunité située au centre de la poitrine, lieu du corps où les Grecs localisaient l’âme.

L’usage du thym ne date pas d’hier ! Des papyrus datant de 1850 avant notre ère ainsi que des vestiges de poteries antiques attestent de son utilisation lors de rituels sacrés en tant que plante purificatrice dans l’Antiquité. Chez les Égyptiens et les Sumériens, il était utilisé lors de rituels d’embaumements. Chez les Grecs et les Romains, la plante était utilisée en fumigation sèche dans les temples, en bains revigorants, en cataplasmes ou encore en onction et massage pour ses propriétés médicinales.  Au sein de la Rome antique, le thym était également très apprécié en cuisine, comme l’atteste le plus vieux livre de cuisine qui soit arrivé jusqu’à notre époque, attribué à Apicius.

Au Moyen âge, le thym gagne une popularité en Europe sous l’influence d’Hildegarde de Bingen, notamment l’espèce de thym que l’on nomme serpolet. Selon elle, « le thym, additionné à d’autres bonnes herbes et condiments, enlève les putréfactions des maladies, grâce à sa chaleur et sa force.” La plante étant, en effet, associé à la force et au courage, les dames offraient aux chevaliers partant au combat, des cadeaux sur lesquels étaient représentée la plante comme un symbole de protection.

Au XVIᵉ siècle, la popularité du thym atteint son apogée, et il devient un élément récurrent dans les livres d’herbes. Au XXe siècle, l’action inhibitrice de l’essence de thym contre le bacille du charbon de la typhoïde est prouvée, puis sur le méningocoque, le bacille diphtérique et le staphylocoque.